fantom_zona’s diary

Impact the world!!!

Cross validation + OptunaでMLPのモデル選択してみた話

やったこと とあるテーブルコンペに出た時に, sklearnのMLPRegressorを使ってみました. 完全に素人がやってみた内容なので, 是非ともアドバイスください. コード内容 optunaは最小化のためのパラメータ調整ライブラリらしいです. sklearnのKFoldと合わせて使…

deepchem.models.sequentialではグラフ構造を読み取れなかった話

注意 この記事を読んでも特に得るものはありません。ただdeepchem2.1.0ではsequentialにグラフ畳み込みが出来なかったというだけの話です。 概要 deepchem 2.1.0 python2.7 model=deepchem.models.Sequential() """ model.fit() → model._create_graph(self,…

deepchemのインストールについてのメモ

deepchemで遊んでいるうちに環境を壊してしまい、改めてインストールすることになりました。なのですが、これまでpython3系で動いていたはずなのにうまく行きません。deepchemのWebページでは3系でインストールできるみたいな雰囲気をかましているので、メモ…

化合物-タンパク質相互作用の予測器を動かしてみた

はじめに この論文を読んでみました。githubにコードが落ちていたのでcolaboratory上で動かしてみました。 colabでの環境構築 rdkitを入れなくてはいけないのでやむなくminicondaを入れました。 conda-forgeから入れるとこのバグは生じませんでした。 !wget …

びまん性正中グリオーマに対するCAR-T療法

この記事は、今年読んだ一番好きな論文2018の12月15日の記事です。 adventar.orgこの一年は色々面白い話を見聞きしたのですが、いざ一番面白いのを選んで紹介するとなると、色々それぞれの良さがあるわけで選定するのって難しいですね*1。そういうわけで、色…

deepchemを動かしてみました?②

久しぶりの更新です。 deepchemのチュートリアルを動かそうとしたら、タンパク質の構造を表示してくれませんでした。ここで少しつまずいてしまったので、記事にまとめようと思います。deepchemと言うかdeepchem以前なのですが、、、。 はじめに このチュート…

医薬品開発の流れについて

基礎研究によって発見された薬剤候補は、非臨床試験で有効性・安全性が確認された後に臨床試験に移る。臨床試験は1,2,3相に分かれ、人における有効性・安全性を試験する。臨床試験を経て、国による承認を得たものが新薬として発売される。発売後も医薬品が適…

骨リモデリング・骨代謝における力の役割について

骨は、周囲の力学的刺激に誘導されるリモデリングによって、構造を変化させ適応的に身体を支える構造を維持している。例えば、宇宙飛行士や寝たきりの患者では、骨への力学的負荷が掛からないため、骨量の減少が認められる。このように、力学的刺激は骨構造…

Tinderで遊ぶ

こんにちは。 色々辛いことがあって、むしゃくしゃしたのでTinderで色々遊んでみました。 とりあえず今回はTinderAPIを使って見ました。 Pynderの取得 pynderというものを使用しました。 git clone https://github.com/charliewolf/pynder cd pynder python …

田舎病院の寮に入ったら、トイレのドアに勝手に鍵が掛かった話

助けて。 トイレと風呂を同時に失った。

アンブロキソールの効果

今回はこの論文。 アンブロキソールと言えば痰切りとして誰もが知るところだが、具体的な機序についてはそういえばよく知らない。医学生程度ではこういう機序の分からないものは結構あり、実際教科書に載っているような生理学や分子生物学に基づかない機序で…

THのIPFに対する効果の論文

これ。 肺の遺伝子発現データベースからIPFにDIO2が高発現していることを発見し、患者検体も用いて検証。DIO2はT4→T3への変換を担うことから、THがIPFになんらかの修飾を加えているだろうということでブレオマイシンやTGF-β1の肺線維症モデルマウスに対してT…

deepchem動かしてみました①

deepchemというライブラリを勉強してみようと思います。チュートリアルからまずやっていこうと思います。日本語の記事が少ないので、自分用のメモとして記録に残そうと思います。deepchemの溶解度予測のチュートリアルを一個一個読んでいこうと思います。 デ…

KaggleのTitanicにトライしてみた話

右も左も分からない人間が、kaggleに挑戦してみた話です。とりあえず登録してこのページに行ってtrain.csv, test.csvをダウンロード。 train.csvで予測モデルを構築して、test.csvを予想して提出という形。 とりあえず色々データを覗いてみる。 import panda…

コネクトームをシーケンサーに掛けたい

今年読んだ一番好きな論文2017の12月21日の記事です。 初めまして。kira_kira_worldです。合成生物学と基礎医学が好きな学部生です。この企画は以前から見ていて、ずっと見る専だったんですが、今年は景品欲しさに登録してみました。 紹介論文 紹介する論文…

UCSD Roy lab その3

これ。 顕微鏡の自動サンプリングシステムを使って、aSynによるvesicleダイナミクスのunbiasedな解析をした論文。系が面白い。もう写真撮る過程のbiasは無いものと信じるしかないからな。「PDと小胞輸送の関連はもう前から言われていたけど、aSynはpreにいる…

メモ

エクソソームについて調べていたところ、まとまった日本語のページがあったので貼っておく。 aging.wiki.fc2.com

parkin translocationによるhigh content RNAi screening

これ parkinのtranslocationを利用するのは賢いと思った。これ以外だと変性疾患だとtau, Aβ, αSynあたりかな。high content screeningってやつ、うまい指標を作るのが面倒くさそう。 今やるならCRISPRなのかな?ここら辺の優劣はなぞ。RNAiは結構細胞内が変…

メモ

実験に際するメモ wide fieldは退色が少ないがフォーカス面がずれるのがでかい。 confocalはオートフォーカスができるけども、退色が強く細胞障害性が大きい。

UCSDのRoy labの続き

先日のRoy labから出た論文が非常に参考になると分かったので、しばらくはここの研究室の論文を読むことにする。 とりあえずこれ。アルツハイマー病(AD)はAPPがγ, β secretaseによって切断されることによって生成されたAβが凝集することが特徴的。最も多い神…

細胞質のたんぱく質はどのようにして軸索輸送されるか?

これはすごい。殆ど画像解析とあとはシンプルな実験だけで、軸索輸送の新しい形を示している。確かに言われてみればcytosolのタンパクは軸索を移動しているのかは知らない。localに作られているのかな?くらいにしか思わなかった。画像解析を使った研究とし…

PINK1とPARKINの論文

随分と前に読んだ論文だが、最近ではここに書かれてるmitophagy以外にもmitochondriaのquality controlがもっと色々あると分かりつつあるらしい。 変性疾患というと、病理でナントカ小体が蓄積するっていうのがイメージされるが、実際の病理像は原因遺伝子と…

Epigenetic Landscapes Explain Partially Reprogrammed Cells and Identify Key Reprogramming Genes

軽い紹介 リプログラミングと連想記憶って似てるんじゃないということから、スピングラスの物理を使ってWaddington's landscapeを作ってみたという論文。 アレイのデータから発現量をバイナリ化して扱ってる。バイナリ化の根拠として、ヒストン修飾を調べて…

改変Notch受容体による細胞間コミュニケーション

この前出た、"Engineering Customized Cell Sensing and Response Behaviors Using Synthetic Notch Receptors"の紹介を軽くします。 先行研究に関する言及なんかには気が向いたら書き加えます。 概要 Notch受容体の細胞内/外のドメインをカスタムすることで…