これで動いた． colabで動かそうと思ったけどモデルが重すぎてcolabでは動かなかったが，他の環境で動くことを確認した． 一応colab用のコードを貼っておく． !wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh !chmod +x Mi…
この記事はkyoto.bioinfoアドベントカレンダーの企画でお送りしております． adventar.org TL;DR 低分子集団をいい感じにプロットするmolcloudを改変して，RNAcloudという描画ツール作ってみた． RNAcloudで君だけのRNAを描画しよう！！（molcloudのオプショ…
これはkyoto.bioinfoアドベントカレンダーの記事です． adventar.org TL;DR bioanalyzerの結果を可視化するためのpythonスクリプト（PyBioAnalyzer）を書いた． github.com 追記・編集履歴 pipで使えるようにしてみました．初めてsetup.py書きました．*1 そ…
最近データ解析に使えるかと思って共立出版から出ている『タンパク質構造とトポロジー』を読んでいるのでその超簡単なログ． データ点の幾何的構造を抽出するためのパーシステントホモロジーという道具のための本． 数学に触れたのがかなり久しぶりのため，…
TL;DR pythonのsimannealパッケージを使うと一瞬で実装できるます． 作ってくれた人ありがとうます． 背景 ラボメンに，遺伝子パーツの選択の相談をされた． 30種くらいの遺伝子パーツの中から，10個くらい良さげなペアを選んでほしいとのこと． 各々の遺伝…
目的 タイトルの通り. devtools周りで途中で躓いたのでメモしておく. TL;DR conda create -n r_env r-essentials r-base conda activate r_env conda install r 以下, R. install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'uuid', …
目的 化合物を選択する際に避けたい「忌避構造」を定義するが「構造アラート」である。 これまでに色々な構造アラートが考案されていているが、体系的にまとまった資料が欲しいなと思ったのでそのメモ。 構造アラート含めた化合物選択に関する総論的資料とし…
やったこと とあるテーブルコンペに出た時に, sklearnのMLPRegressorを使ってみました. 完全に素人がやってみた内容なので, 是非ともアドバイスください. コード内容 optunaは最小化のためのパラメータ調整ライブラリらしいです. sklearnのKFoldと合わせて使…
RNAlibのdocumentなりhelpがあまりにも欠如しているのでちまちま調べていたことを軽くまとめる。 githubのissueを見ると割と勉強になることを学んだ。 温度の設定 import RNA print(RNA.__version__) #2.4.11 seq = RNA.random_string(20, "AUGC") md = RNA.…
注意 この記事を読んでも特に得るものはありません。ただdeepchem2.1.0ではsequentialにグラフ畳み込みが出来なかったというだけの話です。 概要 deepchem 2.1.0 python2.7 model=deepchem.models.Sequential() """ model.fit() → model._create_graph(self,…
deepchemで遊んでいるうちに環境を壊してしまい、改めてインストールすることになりました。なのですが、これまでpython3系で動いていたはずなのにうまく行きません。deepchemのWebページでは3系でインストールできるみたいな雰囲気をかましているので、メモ…
はじめに この論文を読んでみました。githubにコードが落ちていたのでcolaboratory上で動かしてみました。 colabでの環境構築 rdkitを入れなくてはいけないのでやむなくminicondaを入れました。 conda-forgeから入れるとこのバグは生じませんでした。 !wget …
この記事は、今年読んだ一番好きな論文2018の12月15日の記事です。 adventar.orgこの一年は色々面白い話を見聞きしたのですが、いざ一番面白いのを選んで紹介するとなると、色々それぞれの良さがあるわけで選定するのって難しいですね*1。そういうわけで、色…
久しぶりの更新です。 deepchemのチュートリアルを動かそうとしたら、タンパク質の構造を表示してくれませんでした。ここで少しつまずいてしまったので、記事にまとめようと思います。deepchemと言うかdeepchem以前なのですが、、、。 はじめに このチュート…
基礎研究によって発見された薬剤候補は、非臨床試験で有効性・安全性が確認された後に臨床試験に移る。臨床試験は1,2,3相に分かれ、人における有効性・安全性を試験する。臨床試験を経て、国による承認を得たものが新薬として発売される。発売後も医薬品が適…
骨は、周囲の力学的刺激に誘導されるリモデリングによって、構造を変化させ適応的に身体を支える構造を維持している。例えば、宇宙飛行士や寝たきりの患者では、骨への力学的負荷が掛からないため、骨量の減少が認められる。このように、力学的刺激は骨構造…
助けて。 トイレと風呂を同時に失った。
今回はこの論文。 アンブロキソールと言えば痰切りとして誰もが知るところだが、具体的な機序についてはそういえばよく知らない。医学生程度ではこういう機序の分からないものは結構あり、実際教科書に載っているような生理学や分子生物学に基づかない機序で…
これ。 肺の遺伝子発現データベースからIPFにDIO2が高発現していることを発見し、患者検体も用いて検証。DIO2はT4→T3への変換を担うことから、THがIPFになんらかの修飾を加えているだろうということでブレオマイシンやTGF-β1の肺線維症モデルマウスに対してT…
deepchemというライブラリを勉強してみようと思います。チュートリアルからまずやっていこうと思います。日本語の記事が少ないので、自分用のメモとして記録に残そうと思います。deepchemの溶解度予測のチュートリアルを一個一個読んでいこうと思います。 デ…
右も左も分からない人間が、kaggleに挑戦してみた話です。とりあえず登録してこのページに行ってtrain.csv, test.csvをダウンロード。 train.csvで予測モデルを構築して、test.csvを予想して提出という形。 とりあえず色々データを覗いてみる。 import panda…
今年読んだ一番好きな論文2017の12月21日の記事です。 初めまして。kira_kira_worldです。合成生物学と基礎医学が好きな学部生です。この企画は以前から見ていて、ずっと見る専だったんですが、今年は景品欲しさに登録してみました。 紹介論文 紹介する論文…
これ。 顕微鏡の自動サンプリングシステムを使って、aSynによるvesicleダイナミクスのunbiasedな解析をした論文。系が面白い。もう写真撮る過程のbiasは無いものと信じるしかないからな。「PDと小胞輸送の関連はもう前から言われていたけど、aSynはpreにいる…
エクソソームについて調べていたところ、まとまった日本語のページがあったので貼っておく。 aging.wiki.fc2.com
これ parkinのtranslocationを利用するのは賢いと思った。これ以外だと変性疾患だとtau, Aβ, αSynあたりかな。high content screeningってやつ、うまい指標を作るのが面倒くさそう。 今やるならCRISPRなのかな？ここら辺の優劣はなぞ。RNAiは結構細胞内が変…
実験に際するメモ wide fieldは退色が少ないがフォーカス面がずれるのがでかい。 confocalはオートフォーカスができるけども、退色が強く細胞障害性が大きい。
先日のRoy labから出た論文が非常に参考になると分かったので、しばらくはここの研究室の論文を読むことにする。 とりあえずこれ。アルツハイマー病(AD)はAPPがγ, β secretaseによって切断されることによって生成されたAβが凝集することが特徴的。最も多い神…
これはすごい。殆ど画像解析とあとはシンプルな実験だけで、軸索輸送の新しい形を示している。確かに言われてみればcytosolのタンパクは軸索を移動しているのかは知らない。localに作られているのかな？くらいにしか思わなかった。画像解析を使った研究とし…
随分と前に読んだ論文だが、最近ではここに書かれてるmitophagy以外にもmitochondriaのquality controlがもっと色々あると分かりつつあるらしい。 変性疾患というと、病理でナントカ小体が蓄積するっていうのがイメージされるが、実際の病理像は原因遺伝子と…
軽い紹介 リプログラミングと連想記憶って似てるんじゃないということから、スピングラスの物理を使ってWaddington's landscapeを作ってみたという論文。 アレイのデータから発現量をバイナリ化して扱ってる。バイナリ化の根拠として、ヒストン修飾を調べて…
