condaでRの環境構築+jupyter notebookでRを起動

目的

タイトルの通り. devtools周りで途中で躓いたのでメモしておく.

TL;DR

conda create -n r_env r-essentials r-base
conda activate r_env
conda install 
r

以下, R.

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'uuid', 'digest'))

conda経由でdevtoolsをinstall.

conda install -c conda-forge r-devtools

再びRでIRkernelをinstall.

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec() # install for the current user
IRkernel::installspec(user = FALSE) # install system-wide

これでjupyter notebookからRが使用可能.

0. 環境

OS : macOS High Sierra 10.13.6
conda version : 4.8.3
R version : 3.6.1 (2019-07-05)

1. condaでRの環境を構築

この記事を参考にcondaでRの環境構築をした. しかし, Rをinstall/uninstallを繰り返すと以下のようなエラーが出てきてしまい, 面倒だった. 出てきた際には, 環境丸ごと削除・作成を繰り返した...(疲弊)

dyld: Library not loaded: @rpath/libreadline.6.2.dylib 
    Referenced from: /Users/path/to/envs/r_env/lib/R/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Abort trap: 6

2. R kernelをjupyterに導入

googleで検索するといくつも記事（例えばこの記事）がヒットしたが, devtoolsの導入時にエラーが出てしまい, とても困ってしまった.

checking whether the C compiler works... no
configure: error: C compiler cannot create executables
ERROR: configuration failed for package ‘git2r’
ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’

どうやら, conda環境のinstall.packages経由ではdevtoolsを入れられないらしい....
色々模索したが, なぜCのコンパイラでエラーが出るのか正直よくわからなかった.
解決策と思われるものもいくつか見つけたが, 環境全体が汚れてしまうんじゃないかと心配だったので他の方法を調べた.
そしたら, conda経由でdevtoolsが入れられるようだったのでこちらを採用した.
condaなら環境をよしなにしてくれるだろう......(祈り)

conda install -c conda-forge r-devtools

Rで以下を実行.

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec() # install for the current user
IRkernel::installspec(user = FALSE) # install system-wide

これで, jupyter notebookからRが使用できた.