deepchemを動かしてみました?②

久しぶりの更新です。
deepchemのチュートリアルを動かそうとしたら、タンパク質の構造を表示してくれませんでした。ここで少しつまずいてしまったので、記事にまとめようと思います。deepchemと言うかdeepchem以前なのですが、、、。

はじめに

このチュートリアルをやろうと思いました。足りないパッケージは適宜追加しながらやれば問題ないだろうと思っていたのですが、途中、

ngltraj = visualize_complex(complex_mdtraj)
ngltraj

と言う部分で、

Failed to display Jupyter Widget of type NGLWidget.

みたいな文字が表示され、複合体の構造が表示されませんでした。「あれ？NGLviewは途中で入れたはずなのにな？」と思い色々調べたことをまとめます。

結論

NGLViewを入れる際に、!pipで適当に付け足すだけではダメだったのです。

!pip install ipywidgets
!jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension --sys-prefix

!pip install nglview
!jupyter-nbextension enable nglview --py --sys-prefix

これをコピペしましょう。終わり。
試しに、

import nglview as nv
view=nv.demo()
view

としてタンパク質が出てくればオッケーです。クリクリして遊びましょう。