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fantom_zona’s diary

合成生物学(と最近では神経変性疾患)

メモ

エクソソームについて調べていたところ、まとまった日本語のページがあったので貼っておく。

aging.wiki.fc2.com

parkin translocationによるhigh content RNAi screening

これ

parkinのtranslocationを利用するのは賢いと思った。
これ以外だと変性疾患だとtau, Aβ, αSynあたりかな。
high content screeningってやつ、うまい指標を作るのが面倒くさそう。

今やるならCRISPRなのかな?ここら辺の優劣はなぞ。
RNAiは結構細胞内が変化するって話を聞いたことがあるけど本当なんだろうか?
gRNAのライブラリってどこかでもう売ってるのかな?

メモ

実験に際するメモ

wide fieldは退色が少ないがフォーカス面がずれるのがでかい。

confocalはオートフォーカスができるけども、退色が強く細胞障害性が大きい。

コネクトームをシーケンサーに掛ける?

今回はこれ

 

イデアがすごい好き。

僕はわりかし最近に存在をしったけど、DNAバーコードのアイデア自体は結構前からあったらしい。

神経科学は、一昔前の遺伝学みたいな感じで泥臭く一個一個読やっていくしかないのかなって思ってたんだけども、案外そうでもないのかもしれない。

あるいは透明化の方が早いのだろうか......

 

 

UCSDのRoy labの続き

先日のRoy labから出た論文が非常に参考になると分かったので、しばらくはここの研究室の論文を読むことにする。

とりあえずこれアルツハイマー病(AD)はAPPがγ, β secretaseによって切断されることによって生成されたAβが凝集することが特徴的。最も多い神経変性疾患

APPがendocytosisされて、BACE-1のいるRecycling endosomeに取り込まれて処理を受けることを報告した論文。ADの人の脳で、実際にAPPとBACE-1の分画が増えていることを最後に示している。activity dependentらしく、デフォルトネットワークの活動度がADと関与しているのではないかとの報告もあるようで、その具体的なメカニズムではないか?と言っている。ほとんどイメージングしかしてない。

なお、ニューロンは全て初代培養で、lentiか何かでADのモデルにしたものは使ってない。実際にADのGWASか何かで出てきたSNPはこの経路に関するものなのだろうか?sporadicなADの関与とも関係ありそうだ。

細胞質のたんぱく質はどのようにして軸索輸送されるか?

これはすごい。殆ど画像解析とあとはシンプルな実験だけで、軸索輸送の新しい形を示している。確かに言われてみればcytosolのタンパクは軸索を移動しているのかは知らない。localに作られているのかな?くらいにしか思わなかった。画像解析を使った研究として参考にする。

このUCSDのRoy lab、軸索輸送以外にもAD/PDもやっているらしい。知らなかった。

ちなみにこの論文のfirstのDSは、あのFZのとこでPhD studentをしているらしい。

PINK1とPARKINの論文

随分と前に読んだ論文だが、最近ではここに書かれてるmitophagy以外にもmitochondriaのquality controlがもっと色々あると分かりつつあるらしい。

変性疾患というと、病理でナントカ小体が蓄積するっていうのがイメージされるが、実際の病理像は原因遺伝子と関係なく一緒なのだろうか?