fantom_zona’s diary

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2019-01-01から1年間の記事一覧

Cross validation + OptunaでMLPのモデル選択してみた話

やったこと とあるテーブルコンペに出た時に, sklearnのMLPRegressorを使ってみました. 完全に素人がやってみた内容なので, 是非ともアドバイスください. コード内容 optunaは最小化のためのパラメータ調整ライブラリらしいです. sklearnのKFoldと合わせて使…

PythonでRNAlibを動かすときのメモ

RNAlibのdocumentなりhelpがあまりにも欠如しているのでちまちま調べていたことを軽くまとめる。 githubのissueを見ると割と勉強になることを学んだ。 温度の設定 import RNA print(RNA.__version__) #2.4.11 seq = RNA.random_string(20, "AUGC") md = RNA.…

deepchem.models.sequentialではグラフ構造を読み取れなかった話

注意 この記事を読んでも特に得るものはありません。ただdeepchem2.1.0ではsequentialにグラフ畳み込みが出来なかったというだけの話です。 概要 deepchem 2.1.0 python2.7 model=deepchem.models.Sequential() """ model.fit() → model._create_graph(self,…

deepchemのインストールについてのメモ

deepchemで遊んでいるうちに環境を壊してしまい、改めてインストールすることになりました。なのですが、これまでpython3系で動いていたはずなのにうまく行きません。deepchemのWebページでは3系でインストールできるみたいな雰囲気をかましているので、メモ…

化合物-タンパク質相互作用の予測器を動かしてみた

はじめに この論文を読んでみました。githubにコードが落ちていたのでcolaboratory上で動かしてみました。 colabでの環境構築 rdkitを入れなくてはいけないのでやむなくminicondaを入れました。 conda-forgeから入れるとこのバグは生じませんでした。 !wget …